Назив пројекта: ПРАЋЕЊЕ СИСТЕМСКЕ РЕЗИСТЕНЦИЈЕ НА ТЕРАПИЈУ У КАРЦИНОМУ ПЛУЋА И КОЛОРЕКТУМА ИЗ ТЕЧНЕ БИОПСИЈЕ ПОМОЋУ ЦИЉАНЕ NGS АНАЛИЗЕ ГЕНЕТИЧКИХ И ЕПИГЕНЕТИЧКИХ ВАРИЈАНТИ
Акроним: TRACEPIGEN
Руководилац пројекта: Др Миљана Танић
Научноистраживачке организације: Институт за онкологију и радиологију Србије
Буџет: 199.986,22 ЕУР
У средишту истраживања пројекта је појава резистенције на системску терапију код лечења рака. Хетерогеност генетичких и епигенетичких промена представља супстрат за еволуцију тумора под дејством селективног притиска системске терапије. Ове промене могуће је детектовати из слободноциркулишуће ДНК (cfDNK) изоловане из течних биопсија, и користити их као дијагностичке, предиктивне или прогностичке биомаркере. Најсавременији метод за симултану детекцију великог броја генетичких промена базира се на секвенцирању нове генерације мултигенских панела. Тренутна методологија подразумева припрему библиотека за секвенцирање селекцијом циљаних генских локуса уз употребу мултиплекс PCR метода или хибридизацијом са комплементарним пробама.
Међутим, оба приступа су лимитирана карактеристикама саме слободноциркулишуће ДНК, као што су кратки фрагменти и ултраниске концентрације у крви. Да би превазишли ова ограничења, истраживачи су одлучили да примене нову методу за симултану селекцију локуса од интереса и припрему библиотеке. Они ће искористити једноланчану ДНК која омогућава да се амплификују фрагменти било које дужине и која ради и на денатурисаној ДНК и на ДНК која је конвертована бисулфитом. Овај концепт ће затим бити примењен за праћење динамике генетичких и епигенетичких промена током прогресије карцинома колоректума и плућа у току примене системске терапије на Институту за онкологију и радиологију Србије. Праћењем промена на лонгитудиналној просективној кохорти пројектни тим ће добити увид у механизме настанка резистенције на системску терапију и идентификоваће потенцијалне биомаркере за рану детекцију резистенције.
ЦИЉ ПРОЈЕКТА: Успостављање нове методе која ће бити оптимизована и коришћена за праћење динамике генетичких и епигенетичких промена изазваних прогресијом карцинома колоректума и плућа током примене системске терапије.
МЕТОДОЛОГИЈА: Примениће се нова метода за симултану селекцију локуса од интереса и припрему библиотеке. Користиће се једноланчана ДНК која омогућава да се амплификују фрагменти било које дужине и која ради и на денатурисаној ДНК, као и на ДНК конвертованoј бисулфитом.
ОЧЕКИВАНИ РЕЗУЛТАТИ: Стицање увида у механизме настанка резистенције на системску терапију проучавањем промена на лонгитудиналној просективној кохорти група и покушај идентификације потенцијалних биомаркера за рану детекцију резистенције.